第二季紧接第一季结尾。幸存的科学家们被军方扣押并审问，他们对深海中的“智慧流体”信息闭口不谈。与此同时，全球各大洋同时报告有巨型不明物体浮出水面，不是UFO，而是类似深海城市的“气泡泡”。新一季引入了一组来自中国的深海救援队，与美方合作探索这些气泡。他们发现，海底智慧生物并非要侵略，而是在逃离某种更古老的、正在吞噬海洋的黑暗物质。这一次，人类必须学会和“怪物”合作，才能拯救地球。
全面升级了第一季的格局，从密室逃生变成了全球性的灾难悬疑。特效明显增加了预算，深海世界的奇观令人叹为观止。在科幻外衣下，依然保持了对于人性贪婪的批判。新加入的角色非常讨喜，多线叙事并行不乱，挖坑也挖得让人心甘情愿。
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白发苍苍的老妇人在精神病院关押了五十年，她的秘密写满了房间的每一寸墙壁。
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六位常驻嘉宾穿越回1978年参加高考，却发现每一道考题，都对应着他们现实人生的一道坎。
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穷画家为神秘女子珍妮画像，却发现她每出现一次，就在现实中衰老十岁，而画中她却永远年轻。
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织田信长派出五万大军围剿伊贺，而对面的忍者只有八百人。
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被陷害的动物学家流落阿拉斯加，与一只受伤的狼组成搭档，寻找回家的路。
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一个迷路的男孩在荒野中遇到了一只爱吃蛋糕的鼹鼠、一只沉默的狐狸和一匹高贵的马，他们一起寻找回家的路。
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普通高中生救了一个失忆的女仆，对方咬了他一口后说：“现在你是我的血仆了。”
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寂寞贵妇与神秘园丁一夜风流后，竟发现对方就是当年被她陷害入狱的前男友。